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Einführung in das Next Generation Sequencing (NGS)
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Produktbeschreibung
Wann und Wo?
Datum: Di.: N. V. und Do.: N. V.2024
Datum für Arbeitsgruppen: Fragen Sie uns nach einem Angebot.
Dauer: 2 Tage - Dienstag und Donnerstag
Zeit: 9:00 Uhr bis 14:00 Uhr n. V.
Ort: WWW - Online Kurs, der Kurs wird mittels GoTo-Meeting abgehalten
Einführung
Next Generation Sequencing (NGS) ist eine Hochdurchsatz-Sequenzierung, und stellt einen Quantensprung in der DNA-Analytik dar. Hat man bei der Sanger-Sequenzierung jederzeit gewusst welches Fragment man gerade sequenziert, so ist bei NGS nicht klar welcher der vielleicht eine Million Einzelsequenzierungen gerade mein PCR Produkt, oder DNA-Fragment ist. Die gelesene Sequenz bei der NGS sagt mir genau, um welches Fragment es sich handelt. Die Sequenz trägt also die Probenbezeichnung in sich. Dadurch kann "auf Teufel komm heraus" sequenziert werden und die Software sagt uns nachher welche Sequenz zu welcher Person, welches Gens, oder welche Fragmente zusammengehören.
Das Next Generation Sequencing (NGS) ist die modernste, schnellste und effizienteste Hochdurchsatz-Sequenziermethode. Sie macht die Sequenzierung ganzer Genome, aller Amplikone eines PCR-Ansatzes, aller Exon-Bereiche eines Menschen, große Exon-reiche Gene eines individuellen Patienten, eines Multiplex-Panels oder die vollständige RNA einer Zelle möglicht.
Lernziele
Dieser Kurs gibt Ihnen einen detaillierten Überblick über die Methode und ihre Durchführung, die derzeit am Markt verfügbaren NGS-Plattformen und -Anwendungsgebiete und geht darüber hinaus insbesondere auf die Bedeutung der NGS-Bibliotheken ein.
Wir zeigen Ihnen Praxisbeispiele erklären und erläutern die Ergebnisse und erläutern anhand ausgewählter Publikationen die Stärke dieser Methode.
Zielgruppe
Technische oder wissenschaftliche MitarbeiterInnen. Sie haben molekularbiologische und/oder PCR- und qPCR-Grundkenntnisse und sich über NGS auf den aktuellen Stand bringen.
Gut zu wissen:
- Wenn Sie wenig molekularbiologische Kenntnisse haben, können Sie einen kurzen Vorkurs auf unserer Lernplattform besuchen.
Online-Seminare können ganz schön nervig sein: sowe it sollte es nicht kommen.
- Wenn Sie Ihre Kamera nicht einschalten möchten, ist das kein Problem: Zur Begrüßung und zum Abschied wäre es nett zu sehen wer da ist.
- Wenn Sie nicht persönlich angesprochen werden möchten bei Fragen zum Beispiel, ist das auch kein Problem.
- Wenn Sie lieber Fragen per Chat stellen wollen, können sie das gerne machen, ich versuche die Fragen zu passenden Zeiten zu beantworten.
- Wenn Sie kurzfristig weg müssen, sagen sie bitte per Chat kurz Bescheid.
"Auch eine schwere Tür hat nur einen kleinen Schlüssel nötig.“ – (Charles Dickens)
Theorieteil
- Von der Sanger-Sequenzierung zum Next Generation Sequencing
- Übersicht und Vergleich von NGS-Plattformen einschließlich Single Fragment Sequencing
- Anwendungsgebiete: Amplikon-, Pannel-Sequenzierung, Hybrid-Capture-Verfahren, ChIP, Meth-Sequencing
- Libraries: genomische, Amplikon- und Paired End Libraries, Adapter-Typen, Indexing
- Emulsions-PCR und Bridge-Amplifikation, DNA Nanoball Sequencing
- Library Preparation und -Amplification: Flussdiagramme
- Präparation gescherter DNA-Fragmente
- Methoden der Größenfraktionierung
- Qualifizierung und Quantifizierung mittels Real Time PCR
- Methodische Grundlagen: Pyrosequencing, Sequencing by Synthesis, Sequencing by Ligation
- Praxis-Beispiele: Auswertesoftware, Trouble Shooting: Bias-Problematik
Praxisteil
- Zur Zeit wird kein Laborteil angeboten
Nachbesprechung
Zusätzlich biete ich eine gemeinsame Online-Fragestunde für Trouble-Shooting oder weitergehende Fragen an. Die Fragestunde wird mit GoTo-Meeting durchgeführt.
Lernplattform
Eine Lernplattform (Moodle, e-learning4science.com) hält für Sie das Script als PDF, Versuchsbeschreibungen und Literatur-Links-Downloads bereit.
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