Datum: 23. bis 25. Juli 2024 Datum für Arbeitsgruppen:
Fragen Sie uns für ein Angebot für Ihre Arbeitsgruppe.
Dauer: 3 Tage - Dienstag bis Donnerstag (Halb und Halb)
Zeit: 9:00 Uhr bis 12:30 Uhr, nachmittags selbstständige Praxis, der Dozent ist erreichbar.
Ort: WWW - Online Kurs, der Kurs wird mittels GoTo
-Meeting abgehalten
Einführung
In 8 von 10 Fällen in denen wir Aufträge für ein Trouble Shooting hatten, waren die Primer der Übeltäter. Am häufigsten waren es Primer- Dimere
, die eine Quantifizierung bis in den niedrigen Nachweisbereich nicht zuließen oder im Multiplex ist ein Primerpärchen ausgestiegen und konnte einfach nicht mit integriert werden. In Gen-Expressionstudien bekam man nur schlechte Effizienz
-Werte und merkt nicht, dass man im PCR-Produkt noch ein zweites Produkt vorliegen hatte. Daher heißt es bei uns " PCR
- und Primer-Design", denn die Target
-Sequenz ist ebenso wichtig.
Lernziele
Am Ende des Kurse sind sie in der Lage die Target-Sequenz für Ihr PCR zu analysieren und geeigneten Bereiche festzulegen, sie können Primer analysieren bzgl. Dimer-Bildung und Spezifität. Wir zeigen ihnen das Design mit Primer3Plus und FASTPCR für neue Primer und Sonden. Im letzten Teil werden wir die Primer-Sequenzen mit verschiedenen Tools analysieren, und sie werden wissen welche Versuche jetzt im Labor zu machen sind.
Zielgruppe
Technische oder wissenschaftliche MitarbeiterInnen. Sie haben molekularbiologische und/oder PCR- und qPCR-Erfahrung und wollen ihre vorhandene Primer überprüfen und neue Primer und Sonden designen.
Gut zu wissen:
Wenn Sie keine PCR oder real-time PCR Erfahrung haben können Sie eine kurzen Vorkurs auf unserer Lernplattform besuchen.
Online-Seminare können ganz schön nervig sein: soweit sollte es nicht kommen.
Wenn Sie Ihre Kamera nicht einschalten möchten, ist das kein Problem: Zur Begrüßung und zum Abschied wäre es nett zu sehen wer da ist.
Wenn Sie nicht persönlich angesprochen werden möchten bei Fragen zum Beispiel, ist das auch kein Problem.
Wenn Sie lieber Fragen per Chat stellen wollen, können sie das gerne machen, ich versuche die Fragen zu passenden Zeiten zu beantworten.
Wenn Sie kurzfristig weg müssen, sagen sie bitte per Chat kurz Bescheid.
"Es geht nicht darum neue Dinge zu lernen, sondern nützliche Dinge umzusetzen". ( Ingo Krawiec)
Theorieteil
Einführung in die PCR sowie Real Time PCR (RT-PCR, qPCR) als Vorkurs verfügbar
Planung ihrer PCR und Real Time PCR: Was möchten Sie? Quantifizieren oder Nachweis Genotypisieren Multiplexen oder Single PCR, cDNA oder gDNA?
Datenbank-Recherche nach Zielsequenzen: Sie suchen nach homologen Sequenzen mit BLAST/BLAT-Search
Oligosynthese, LNA-Oligos, Basen-Analoga: Wollen/müssen Sie Basenanaloga benutzen?
Strategien für das Primer Design: Design ->Analyse -> Filtern -> Labortest
Primer-Design-Programme: Welche Programme kann ich frei Nutzen wie funktionieren sie, welche Einstellungen sind wichtig?
Überprüfung der Primer-Spezifität mit: BLAST, BLAT und in-silico-PCR, ClustalX/Bioedit, Primer3plus, MultiPLX2.0 und FASTPCR
Auswahl der PCR-Parameter: Wie lautet das Temperatur-Zeit-Profil für den ersten Primer-Test?
Praxisbeispiele
Ich habe Ihnen drei Beispiel für ein PCR-Primer- und Sonden-Design herausgesucht aus den Bereichen: Nachweis und Quantifizierung, Genotypisierung und RT-qPCR-Analyse. In Abhängigkeit von der Teilnehmerzahl, werde ich die Beispiele demonstrieren oder Sie bearbeiten die Beispiele im Nachmittag oder Sie arbeiten an Ihrem eigenen Projekt. Ich werde immer "standby" sein für Ihre Fragen und sie können mir über die Schulter schauen.
PCR-Primer-Design für die Amplifikation von Legionella pneumophilia, und Legionella spec.
PCR-Primer und Sonden-Design für die Amplifikation und Typisierung der Lactose-Intoleranz des Menschen
PCR-Primer und Sonden-Design für ein Multiplex-RT-qPCR für die Amplifikation von 2 endogenen Kontrollen für eine Expressionsstudie.
Nachbesprechung
Zusätzlich biete ich eine gemeinsame Online-Fragestunde für Trouble-Shooting oder weitergehende Fragen an. Die Fragestunde wird mit GoTo-Meeting
durchgeführt.
Lernplattform
Eine Lernplattform (Moodle, e-learning4science.com) hält für Sie das Script "PCR-Primer- und Soden-Design" als PDF, Versuchsbeschreibungen und Literatur-Links-Downloads bereit.
